Trung tâm Đổi mới sáng tạo Quốc gia được thành lập theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ là một trong các trường hợp được hưởng ưu đãi đầu tư đặc biệt
Phó Thủ tướng Thường trực Phạm Bình Minh đã ký ban hành Quyết định số 29/2021/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ quy định về ưu đãi đầu tư đặc biệt. Quyết định này quy định về mức, thời gian và điều kiện áp dụng ưu đãi đầu tư đặc biệt đối với các dự án đầu tư quy định tại khoản 2 Điều 20 Luật Đầu tư. Ưu đãi, hỗ trợ đầu tư đặc biệt quy định tại Quyết định này thực hiện theo quy định tại khoản 6 Điều 20 Nghị định số 31/2021/NĐ-CP và các nguyên tắc như ưu đãi đầu tư đặc biệt được áp dụng cho dự án đầu tư mới và dự án đầu tư mở rộng. Trong thời gian hưởng ưu đãi đầu tư đặc biệt, tổ chức kinh tế đáp ứng điều kiện hưởng ưu đãi thực tế ở mức nào thì hưởng ưu đãi ở mức đó cho thời gian ưu đãi còn lại.
Thời gian áp dụng ưu đãi còn lại được xác định bằng thời gian ưu đãi theo điều kiện hưởng ưu đãi thực tế trừ đi tương ứng số năm miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp, số năm áp dụng thuế suất ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, số năm miễn giảm tiền thuê đất, thuê mặt nước đã được áp dụng trước đó. Quyết định đưa ra nhiều ưu đãi đầu tư đặc biệt như: Ưu đãi thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp; thời gian miễn giảm thuế thu nhập doanh nghiệp; tiền thuê đất, thuê mặt nước. Trong đó, thuế suất ưu đãi 9% trong thời gian 30 năm áp dụng đối với thu nhập của tổ chức kinh tế từ thực hiện dự án đầu tư thuộc đối tượng quy định tại điểm b khoản 2 Điều 20 Luật Đầu tư. Thuế suất ưu đãi 7% trong thời gian 33 năm áp dụng đối với thu nhập từ dự án đầu tư thuộc một trong các trường hợp sau: