Cải cách thuế, hải quan: Doanh nghiệp FDI cần chính sách ổn định và dễ dự báo

Ngày 21/10, tại Hà Nội, Bộ Tài chính phối hợp với Đại sứ quán Hàn Quốc tại Việt Nam, Cơ quan Xúc tiến Thương mại và Đầu tư Hàn Quốc (KOTRA) và Hiệp hội Doanh nghiệp Hàn Quốc tại Việt Nam (KOCHAM) tổ chức Hội nghị đối thoại về chính sách thuế, hải quan năm 2026, với chủ đề “Chính sách thuế - hải quan: Cải cách thể chế, kiến tạo môi trường phát triển”.

TS. Nguyễn Anh Tuấn, Chủ tịch VAFIE, tham gia điều phối phiên đối thoại, cùng các đại biểu trao đổi trực tiếp về những khó khăn phát sinh trong quá trình thực thi chính sách thuế, hải quan. Đây là những vấn đề có ý nghĩa thiết thực đối với doanh nghiệp FDI, đặc biệt là các doanh nghiệp sản xuất, xuất nhập khẩu và các tập đoàn có chuỗi cung ứng xuyên biên giới.

Hội nghị diễn ra trong bối cảnh Việt Nam tiếp tục hoàn thiện thể chế, cải cách thủ tục hành chính và nâng cao chất lượng thu hút đầu tư nước ngoài.

Phát biểu tại hội nghị, Thứ trưởng Bộ Tài chính Cao Anh Tuấn cho biết, Bộ Tài chính đã tham mưu sửa đổi, bổ sung nhiều quy định về thuế, quản lý thuế và hải quan nhằm đơn giản hóa thủ tục hành chính, đẩy mạnh chuyển đổi số, tháo gỡ khó khăn và tạo thuận lợi cho hoạt động sản xuất, kinh doanh.

Ngành Thuế đã hoàn thành mục tiêu cắt giảm tối thiểu 50% chi phí và thời gian giải quyết thủ tục hành chính. Trong lĩnh vực hải quan, 11 thủ tục hành chính được đơn giản hóa, 21 thủ tục bị bãi bỏ; 14 điều kiện kinh doanh và hai ngành, nghề kinh doanh có điều kiện được cắt giảm.

Tuy nhiên, từ thực tiễn hoạt động, cộng đồng doanh nghiệp Hàn Quốc cho rằng yêu cầu cải cách không chỉ dừng ở việc giảm thủ tục, mà còn phải bảo đảm chính sách rõ ràng, ổn định, được áp dụng thống nhất và có thể dự báo để doanh nghiệp chủ động kế hoạch đầu tư dài hạn.

Làm rõ quy định, thống nhất cách thực thi

Một trong những vấn đề được doanh nghiệp quan tâm là tính ổn định và độ tin cậy của chính sách. Đại diện Samsung Display cho biết, đây là yếu tố hàng đầu khi doanh nghiệp cân nhắc quyết định đầu tư ra nước ngoài. Khi đã đưa ra cam kết đầu tư và xây dựng kế hoạch sản xuất, kinh doanh dài hạn, doanh nghiệp mong muốn các cam kết, chính sách ưu đãi của Chính phủ được thực hiện nhất quán.

Một tình huống cụ thể được doanh nghiệp HD Hyundai nêu ra liên quan đến việc nộp bổ sung chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O).

Theo doanh nghiệp, trong quá trình nhập khẩu vật tư phục vụ sản xuất xuất khẩu, doanh nghiệp đã thực hiện khai báo tại thời điểm nhập khẩu ban đầu. Sau đó, một phần vật tư dư thừa được chuyển mục đích sử dụng sang tiêu thụ nội địa. Doanh nghiệp nộp bổ sung C/O để chứng minh hàng hóa không có xuất xứ từ Trung Quốc, nhưng gặp vướng mắc khi cơ quan chức năng cho rằng chứng từ phải được nộp ngay tại thời điểm thông quan ban đầu.

Đại diện Cục Hải quan dẫn quy định tại Thông tư số 33/2023/TT-BTC, trong đó, Điều 12 quy định về thời điểm nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa nhập khẩu, Điều 13 quy định các trường hợp được nộp bổ sung. Theo điểm a khoản 3 Điều 13, đối với trường hợp thuộc diện quy định, thời điểm nộp bổ sung là khi người khai hải quan làm thủ tục thay đổi mục đích sử dụng; chứng từ phải còn hiệu lực tại thời điểm làm thủ tục hải quan ban đầu, trừ trường hợp hiệp định thương mại tự do có quy định khác.

Cục Hải quan ghi nhận kiến nghị, cho biết sẽ rà soát tổng thể quy định và quá trình thi hành để bảo đảm thực hiện thống nhất.

Doanh nghiệp đề nghị có thêm thời gian chuẩn bị

Đại diện Công ty Global Dyeing thuộc Tập đoàn Hansoll Textile kiến nghị cơ quan quản lý thông báo trước từ 6 tháng đến một năm khi có những thay đổi quan trọng về chính sách hải quan hoặc ban hành văn bản pháp luật mới.

Theo doanh nghiệp, trên thực tế, có trường hợp văn bản hướng dẫn được ban hành chỉ 15 ngày trước thời điểm có hiệu lực, thậm chí xuất hiện sau khi luật đã được áp dụng một thời gian. Điều này khiến doanh nghiệp gặp khó khăn trong điều chỉnh hệ thống quản trị, quy trình khai báo, kế hoạch nhập khẩu và tổ chức sản xuất.

Phản hồi kiến nghị, đại diện Cục Hải quan cho biết Điều 53 Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật năm 2025 quy định văn bản quy phạm pháp luật của cơ quan nhà nước ở trung ương không có hiệu lực sớm hơn 45 ngày kể từ ngày thông qua hoặc ký ban hành; đối với văn bản của chính quyền địa phương là không sớm hơn 10 ngày. Pháp luật có quy định ngoại lệ đối với trường hợp xây dựng, ban hành theo trình tự, thủ tục rút gọn hoặc trường hợp đặc biệt.

Cục Hải quan cho biết các văn bản do đơn vị chủ trì tham mưu, xây dựng đều phải bảo đảm thời gian có hiệu lực theo quy định. Trong quá trình xây dựng văn bản, cơ quan soạn thảo cũng lấy ý kiến cộng đồng doanh nghiệp và các hiệp hội để chính sách sát hơn với thực tiễn sản xuất, kinh doanh.

Đề xuất của doanh nghiệp cho thấy, bên cạnh việc tuân thủ thời hạn tối thiểu theo luật, việc công bố sớm định hướng chính sách, dự thảo và hướng dẫn thực hiện vẫn có ý nghĩa quan trọng. Đối với các doanh nghiệp FDI có chuỗi cung ứng quốc tế, thời gian chuẩn bị đủ dài giúp hạn chế chi phí chuyển đổi và giảm rủi ro gián đoạn hoạt động.

Ưu đãi thuế cần gắn với chuỗi sản xuất thực tế

Đại diện Samsung Display đề nghị Việt Nam tiếp tục quan tâm đến lĩnh vực điện tử và sản xuất màn hình, thay vì tập trung chính sách hỗ trợ chủ yếu vào trí tuệ nhân tạo (AI) và bán dẫn. Doanh nghiệp cho biết giá chip bán dẫn tăng cao đang tạo áp lực chi phí đối với ngành điện tử, vì vậy các ưu đãi phù hợp có thể hỗ trợ năng lực cạnh tranh và thúc đẩy tăng tỷ lệ nội địa hóa.

Đại diện cơ quan quản lý cho biết chính sách hiện hành đã có các ưu đãi thuế đối với lĩnh vực công nghệ cao, dự án và địa bàn đáp ứng điều kiện theo pháp luật về đầu tư. Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp và pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu quy định các cơ chế ưu đãi đối với những nhóm đối tượng đủ điều kiện.

Trong đó, một số nhóm doanh nghiệp công nghệ chiến lược, trung tâm nghiên cứu và phát triển công nghệ chiến lược, doanh nghiệp công nghệ cao thuộc nhóm được quy định có thể hưởng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp 10% trong 25 năm, miễn thuế 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo. Các nhóm doanh nghiệp khác áp dụng mức ưu đãi theo điều kiện và phân loại tương ứng.

Về thuế nhập khẩu, pháp luật cũng có quy định miễn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định của đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư; một số nguyên liệu, vật tư, linh kiện trong nước chưa sản xuất được phục vụ dự án thuộc diện ưu đãi có thể được miễn thuế nhập khẩu trong 5 năm kể từ khi bắt đầu sản xuất, theo các điều kiện luật định.

Đại diện cơ quan quản lý đồng thời cho biết chính sách đang hướng tới tăng cường liên kết giữa doanh nghiệp trong nước với các tập đoàn lớn, phát triển công nghiệp hỗ trợ. Bộ Công Thương đang nghiên cứu, rà soát danh mục sản phẩm công nghiệp hỗ trợ để phù hợp hơn với yêu cầu phát triển sản xuất.

Với doanh nghiệp FDI, việc xác định rõ lĩnh vực, dự án, địa bàn và điều kiện được hưởng ưu đãi là cơ sở quan trọng để xây dựng phương án đầu tư. Kiến nghị của Samsung cũng đặt ra yêu cầu tiếp tục đánh giá chính sách theo chuỗi giá trị, qua đó phát huy vai trò của các ngành công nghiệp đang hoạt động và mở rộng cơ hội tham gia của doanh nghiệp cung ứng trong nước.

Vướng mắc thuế VAT đối với hàng hóa qua kho ngoại quan

Một nội dung đáng chú ý khác là kiến nghị của Hyosung Group về áp dụng thuế giá trị gia tăng (GTGT) 0% đối với hàng hóa đưa vào kho ngoại quan.

Doanh nghiệp cho rằng việc xác định thuế suất đối với giao dịch qua kho ngoại quan, nhất là trường hợp hàng hóa được chuyển nhượng rồi quay trở lại thị trường nội địa, còn có cách hiểu khác nhau. Theo doanh nghiệp, nếu không làm rõ điều kiện áp dụng thuế suất 0% ở từng khâu giao dịch, có thể phát sinh nguy cơ đánh thuế trùng trong cấu trúc giao dịch mà doanh nghiệp đề cập.

Phản hồi vấn đề này, đại diện Cục Thuế cho biết thuế suất GTGT 0% đối với hàng hóa xuất khẩu phải đáp ứng các điều kiện theo pháp luật, trong đó có điều kiện về tiêu dùng ngoài Việt Nam hoặc trong khu phi thuế quan. Vướng mắc phát sinh khi hàng hóa được đưa vào kho ngoại quan, chuyển quyền sở hữu rồi quay trở lại nội địa, khiến việc xác định điều kiện áp dụng thuế suất cần được xem xét cụ thể.

Ngày 1/10/2026, Cục Thuế đã ban hành Công văn số 7289/CT-QLNT, đề nghị cơ quan thuế các tỉnh, thành phố cung cấp số liệu về chính sách thuế GTGT đối với hàng hóa xuất vào kho ngoại quan. Trên cơ sở báo cáo của địa phương, Cục Thuế đang tổng hợp để báo cáo Chính phủ  xem xét phương án xử lý phù hợp.

Phiên đối thoại cũng là cơ sở để VAFIE tiếp tục đồng hành cùng các hội viên FDI trong việc tổng hợp vướng mắc, chuyển tải kiến nghị đến cơ quan quản lý và cập nhật thông tin chính sách.