Từ kiến nghị của VAFIE, Hải quan hướng dẫn hoàn thuế nguyên liệu nhập khẩu tại chỗ

Cục Hải quan (Bộ Tài chính) vừa ban hành Công văn số 20723/CHQ-NVTHQ trả lời Hiệp hội Doanh nghiệp đầu tư nước ngoài (VAFIE) về một số vướng mắc chính sách thuế, hải quan của cộng đồng doanh nghiệp.

Đáng chú ý là hướng dẫn về hoàn thuế nhập khẩu đối với nguyên liệu nhập khẩu tại chỗ tương ứng với sản phẩm đã xuất khẩu 100%, cùng cách xử lý các tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ phát sinh trước và sau ngày 1/7/2025.

Phân định cách xử lý trước và sau ngày 1/7/2025

Theo Cục Hải quan, một trong những vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện chính sách liên quan đến việc xác định tổ chức, cá nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam.

Luật Quản lý ngoại thương, Nghị định số 90/2007/NĐ-CP và Thông tư số 28/2012/TT-BCT có quy định về khái niệm “thương nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam”.

Tuy nhiên, các văn bản này chưa quy định cơ quan có thẩm quyền, hồ sơ và trình tự để xác định thương nhân nước ngoài có hay không có hiện diện tại Việt Nam. Luật Hải quan và các văn bản hướng dẫn thi hành cũng không giải thích khái niệm “tổ chức, cá nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam”.

Cục Hải quan dẫn ý kiến của Cục Xuất nhập khẩu (Bộ Công Thương) tại Công văn số 399/XNK-THCS ngày 22/7/2024. Theo đó, định nghĩa “thương nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam” quy định tại Luật Quản lý ngoại thương và Nghị định số 90/2007/NĐ-CP chỉ áp dụng trong trường hợp cần xác định quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu của đối tượng này, không áp dụng cho các mục đích khác.

Đối với thủ tục hải quan cho hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ, Cục Hải quan phân định theo hai thời kỳ.

Trước ngày 1/7/2025, thủ tục được thực hiện theo Điều 35 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP và Điều 86 Thông tư số 38/2015/TT-BTC, cùng các văn bản sửa đổi, bổ sung.

Theo đó, các tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ đã đăng ký và hoàn thành thủ tục hải quan trong thời gian này được thực hiện theo quy định về hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ có hiệu lực tại thời điểm đăng ký.

Từ ngày 1/7/2025, Điều 47a được bổ sung tại khoản 3 Điều 3 Luật số 90/2025/QH15 đã tháo gỡ điểm nghẽn pháp lý liên quan đến hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ.

Theo Cục Hải quan, quy định mới khẳng định thương nhân nước ngoài được thực hiện hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ mà không yêu cầu phải đáp ứng điều kiện có hay không có hiện diện tại Việt Nam.

Đối với các tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ trước ngày 1/7/2025 đã thực hiện thủ tục hải quan theo quy định, Cục Hải quan cho biết Cục Thuế căn cứ các tờ khai đã hoàn thành thủ tục hải quan để xem xét, thực hiện thủ tục hành chính thuế theo quy định.

Hoàn thuế căn cứ quy định tại từng thời kỳ

Liên quan đến hoàn thuế nhập khẩu đối với nguyên liệu, vật tư nhập khẩu tại chỗ để sản xuất hàng hóa xuất khẩu, Cục Hải quan dẫn quy định tại Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 18/2021/NĐ-CP.

Hồ sơ, trình tự và thủ tục hoàn số thuế nhập khẩu đã nộp thực hiện theo Điều 36 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 và Điều 12 Thông tư số 06/2021/TT-BTC.

Theo hướng dẫn, các tờ khai nhập khẩu tại chỗ có hàng hóa đề nghị hoàn thuế nhập khẩu đã nộp phải đáp ứng quy định tương ứng về hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ theo từng thời kỳ.

Đối với các tờ khai trước ngày 1/7/2025, hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ thực hiện theo Điều 35 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP.

Theo quy định này, hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ bao gồm trường hợp hàng hóa mua bán giữa doanh nghiệp Việt Nam với tổ chức, cá nhân nước ngoài không có hiện diện tại Việt Nam và được thương nhân nước ngoài chỉ định giao, nhận hàng hóa với doanh nghiệp khác tại Việt Nam.

Do đó, các tờ khai nhập khẩu tại chỗ có hàng hóa đề nghị hoàn số thuế nhập khẩu đã nộp phải đáp ứng quy định tại Điều 35 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP.

Đối với các tờ khai từ ngày 1/7/2025 đến nay, hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ thực hiện theo Luật số 90/2025/QH15 và Điều 35 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP đã được sửa đổi, bổ sung tại khoản 19 Điều 1 Nghị định số 167/2025/NĐ-CP.

Theo quy định sau sửa đổi, hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ là hàng hóa giao, nhận tại Việt Nam theo chỉ định của thương nhân nước ngoài, trên cơ sở hợp đồng mua bán, gia công, thuê, mượn giữa các doanh nghiệp Việt Nam với thương nhân nước ngoài.

Các tờ khai nhập khẩu tại chỗ có hàng hóa đề nghị hoàn thuế nhập khẩu đã nộp trong giai đoạn này phải đáp ứng quy định tại Luật số 90/2025/QH15 và Điều 35 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP sau khi được sửa đổi, bổ sung.

Cục Hải quan đề nghị doanh nghiệp đối chiếu hồ sơ với các quy định tương ứng theo thời điểm đăng ký tờ khai và liên hệ cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai để được hướng dẫn thực hiện.

Hướng dẫn hoàn thuế GTGT nộp thừa

Cục Hải quan cũng trả lời vướng mắc về hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với nguyên vật liệu nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu.

Theo khoản 2 Điều 7 Thông tư số 86/2026/TT-BTC ngày 30/7/2026 của Bộ Tài chính, trường hợp người nộp thuế có số thuế GTGT nộp thừa khi nhập khẩu hàng hóa nhưng đã thực hiện kê khai khấu trừ số thuế này với cơ quan thuế, người nộp thuế có trách nhiệm kê khai điều chỉnh số thuế GTGT đã được cơ quan hải quan hoàn với cơ quan thuế quản lý.

Cơ quan hải quan sẽ ban hành quyết định hoàn thuế GTGT nộp thừa tại khâu nhập khẩu và gửi quyết định này cho cơ quan thuế quản lý người nộp thuế.

Đây là cơ sở để cơ quan thuế đối chiếu và thu hồi số thuế GTGT đã được khấu trừ hoặc đã hoàn, nếu có.

Cục Hải quan đề nghị doanh nghiệp nghiên cứu các quy định liên quan, đồng thời liên hệ cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai và cơ quan thuế quản lý để được hướng dẫn thực hiện.

Với hướng dẫn lần này, điểm cần lưu ý đối với doanh nghiệp là việc xem xét hồ sơ hoàn thuế không áp dụng theo một cách chung cho toàn bộ các tờ khai nhập khẩu tại chỗ, mà phải căn cứ thời điểm phát sinh và quy định pháp luật tương ứng. Việc phân định rõ mốc trước và từ ngày 1/7/2025 là cơ sở để doanh nghiệp rà soát hồ sơ, xác định điều kiện và thực hiện thủ tục hoàn thuế phù hợp.